السلطة العليا في إدارة الصندوق متمثلة في مجلس الإدارة الموحد للصندوق. ويتم تشكيله بواسطة قرار يصدره مجلس الوزراء بناءاً على توصية وزير الرعاية والتنمية الاجتماعية الذي يشرف على الصندوقين وعلى مجلس أدارتهما ويضم مجلس الإدارة في عضويته ممثلين للحكومة ، اتحاد أصحاب العمل ، اتحاد العمال ، اتحاد المعاشيين بالإضافة لخبراء في المجال الاقتصادي والاجتماعي .

يضطلع مجلس الإدارة بوضع السياسة العامة للصندوق ويختص بإجازة ميزانياته وخططه ويتابع الأداء التنفيذي له من خلال عدد من اللجان المتخصصة التي يشكلها المجلس .

يقود الجهاز التنفيذي للصندوق مدير عام يتم تعيينه بموجب قرار يصدره مجلس الوزراء .

لما كانت العديد من الأنشطة التي تقوم بها الصندوق نشاطات حديثة ولم يكن يستوعبها الهيكل التنظيمي لمصلحة المعاشات والذي كان يقوم بصفة أساسية على إدارات مرتبطة بتسوية المنافع (إدارة الخدمة المعاشية ، إدارة التسويات .... الخ ) فقد أعيد هيكلة الصندوق في العام 1994م لاستيعاب تلك المتغيرات .